1990年11月12日武警上海市总队医院新院成立。十年来，医院在上级首长的殷切关怀和地方政府的大力支持下，坚持“科技兴医，质量建院”的方针，经过“三年打基础，五年求发展，十年创一流”的艰苦创业，已建成具有一定规模，集医疗、科研、教学、康复为一体的综合性医院。1995年11月在武警部队内较早通过三级乙等医院评审，被总部卫生部评为先进医院。
武警上海市总队医院编制床位300张，设10个病区，26个临床专业，12个门类较全、检测手段较为先进的辅诊科室和其他业务科室。
武警上海市总队医院把握“质量建院，科技兴医”的方向，加大了质量督查力度，增加了资金投入，近年来获武警部队科技进步二等奖3项。医院重视精神文明建设，积极参加部队及上海市卫生系统文明规范服务竞赛活动，1996年获上海市军民共建先进单位、上海市卫生系统文明单位、上海市卫生系统行风检查达标单位等称号。被上海市卫生局、医保局指定为医疗保险定点单位。
烧伤整形专科，为武警部队重点专业学科，拥有主任医师、教授四名，博士两名，硕士一名。开展各种整形外科手术，以及美容外科手术。烧伤专业的大面积烧伤救治达到国内先进水平，小儿烧伤治疗形成特色。目前，已收治烧伤病人3000余例，小儿烧伤1000余例，特大面积烧伤90余例。
武警上海市总队医院以专科建设带动医院全面发展，如今已形成整形美容中心、大面积烧伤及小儿烧伤救治、不育不孕症治疗、腹腔镜微创外科等特色专科。该院至今已有32项科研项目获武警部队临床成果和科技进步奖。另外，五官科自制的“五官手术牵开器”获得国家专利。